تولى الدكتور أيمن بهاء الدين، منصب نائب وزير التربية والتعليم لشئون التعليم الفني، خلال التعديل الوزاري الأخير بحكومة المهندس مصطفى مدبولي.
وشغل الدكتور أيمن بهاء الدين عدة مناصب إدارية في العديد من المؤسسات الحكومية والخاصة أحدثها منصب رئيس جامعة السويدي للتكنولوجيا.
كما شغل بهاء الدين منصب أستاذ شبكات الحاسب بجامعة عين شمس، وانضم إلى SUT -البوليتكنيك في مصر، وعميد كلية علوم الحاسوب ورئيس مجلس شؤون الطلاب في جامعة مصر الدولية.
وفي عام ٢٠٠٤ عمل أستاذًا متفرغًا في في كل من الجامعة البريطانية والأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا، المدير العام لشبكة الجامعات المصرية (EUN) من مايو ٢٠١٠ – حتى أبريل ٢٠١٤، شغل منصب المدير العام لمركز مصر لريادة الأعمال والابتكار عام ٢٠١٥.
