كما شغل بهاء الدين منصب أستاذ شبكات الحاسب بجامعة عين شمس، وانضم إلى SUT -البوليتكنيك في مصر، وعميد كلية علوم الحاسوب ورئيس مجلس شؤون الطلاب في جامعة مصر الدولية.
وفي عام ٢٠٠٤ عمل أستاذًا متفرغًا في في كل من الجامعة البريطانية والأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا، المدير العام لشبكة الجامعات المصرية (EUN) من مايو ٢٠١٠ – حتى أبريل ٢٠١٤، شغل منصب المدير العام لمركز مصر لريادة الأعمال والابتكار عام ٢٠١٥.